従来タイプの墓所と違って墓石が不要となる樹木葬は、お墓を持つ上でかなりの割合を占める墓石代がかからないというメリットがありますが、場合によってはそれがデメリットにもなります。
伝統的な埋葬方法を大事に考える親類縁者からお墓らしくないと批判されたり、納骨でなく散骨する形式の樹木葬では後で改装したいと考えた時に不可能になってしまいます。
広く認知されるようになってからの歴史が浅い埋葬方法だけに一口に樹木葬と言っても多種多様で、樹木の種類が選べる施設もあれば、決められた樹種以外は不可というケースもあります。
合祀形式の永代供養墓との区別が判然としない施設もあることで、納骨もしくは散骨した後で無縁墓のような形になってしまいかねない点も注意すべきデメリットです。